Отличный справочник по реестру Windows.

Реестр - база данных операционной системы, содержащая конфигурационные сведения. Физически вся информация реестра разбита на несколько файлов. Реестры Windows 9х и NT частично различаются. В Windows 95/98 реестр содержится в двух файлах SYSTEM.DAT и USER.DAT, находящиеся в каталоге Windows. В Windows Me был добавлен еще один файл CLASSES.DAT. В Windows XP реестр хранится во многих файлах. Основная часть хранится в файлах sam, security, software, system, default (все файлы без расширения).

По замыслу Microsoft он должен был полностью заменить файлы ini, которые были оставлены только для совместимости со старыми программами, ориентированными на более ранние версии операционной системы.

Почему произошел переход от ini файлов к реестру? Дело в том, что на эти файлы накладывается ряд серьезных ограничений, и главное из них состоит в том, что предельный размер такого файла составляет 64Кб.